Кал следует сдавать до начала приёма антибиотиков и химиотерапевтических препаратов (если это невозможно, то не ранее чем через 12 часов после отмены препарата). Не допустимо использование свечей. Перед исследованием необходимо исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонны, пилокарпина и др.) и на окраску кала (железа, висмута, сернокислого бария), в течение 72 часов до сдачи кала. Ингибирующее действие могут оказывать: гемоглобин, гепарин, билирубин и желчные кислоты, слизь, гормоны, ферменты, соли, ионы металлов продукты жизнедеятельности микрофлоры. Лекарственные препараты-антибактериальные, противовирусные, химиотерапевтические, слабительные и усиливающие моторику   средства, препараты висмута, железа, сернокислого бария, ректальные свечи, в том числе и на глицериновой основе.